Tutto dipende da cosa avete sullo stage.
Se ad esempio avete una MovieClip che contiene il menu, allora quando caricate un SWF esterno, lui si posiziona di sicuro sopra a tutto.
Non vi seguo...
cosa vorreste fare ? Scambiare i livelli di 2 MovieClip ?
Se sė, caricate l' swf esterno, all' evento COMPLETE "swappate" il loader con qualsiasi cosa volete che sia sullo stage.